งานสุขาภิบาลอาหารในความรับผิดชอบของกองสุขาภิบาลอาหารและน้ำ กรมอนามัย กระทรวงสาธารณสุข ได้มีพัฒนาการตั้งแต่ปี พ.ศ. 2515 ในแผนพัฒนาการสาธารณสุขฉบับที่ 3 (พ.ศ. 2515 – 2519) จนกระทั่งปัจจุบัน ซึ่งเป็นแผนพัฒนาการสาธารณสุขฉบับที่ 9 (พ.ศ.2545 – 2549) โดยมีรายละเอียดดังนี้

          พ.ศ. 2513 ผู้บริหารระดับสูงของกระทรวงสาธารณสุขได้ปรารภถึงความไม่สะอาดของร้านจำหน่ายอาหารในประเทศไทยเมื่อเปรียบเทียบกับเพื่อนบ้าน เช่น ประเทศสิงคโปร์ และมาเลเซีย ทำให้นักสาธารณสุข สมัยนั้น เห็นพ้องต้องกันว่าสมควรที่จะได้ดำเนินการพัฒนามาตรฐานร้านจำหน่ายอาหารทั่วประเทศและโครงการสุขาภิบาลอาหารก็ได้ถือกำเนิดขึ้นมาในปี พ.ศ. 2514 โดยขึ้นตรงต่อรองปลัดกระทรวงสาธารณสุข นายแพทย์สมบูรณ์ วัชโรทัย ซึ่งทำหน้าที่เป็นผู้อำนวยการโครงการสุขาภิบาลอาหารนับตั้งแต่บัดนั้น

          ต่อมาปลายปี 2514 กรมอนามัยได้ตั้งคณะกรรมการขึ้นชุดหนึ่ง เพื่อพิจารณาร่างโครงการสุขาภิบาลอาหารและได้มีการประชุมเพื่อกำหนดแนวทางการดำเนินงานหลายครั้ง จนได้รูปแบบการอบรมวิชาการสุขาภิบาลอาหารสำหรับผู้ประกอบการค้าอาหารและได้เริ่มดำเนินการอบรมผู้ประกอบการค้าอาหารเป็นการทดลองขึ้นที่สุขาภิบาลท่าม่วง จ. กาญจนบุรี

          ในปี พ.ศ. 2515 โครงการสุขาภิบาลอาหาร กระทรวงสาธารณสุข ได้รับอนุมัติจากสภาพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ จัดตั้งโครงการสุขาภิบาลอาหาร เป็นโครงการสำรองในแผนพัฒนาสาธารณสุขระยะที่ 3 เพื่อดำเนินการให้ผู้บริโภคได้รับประทานอาหารที่สะอาดปลอดภัยจากแหล่งผลิตจำหน่ายอาหารทั่วประเทศ เนื่องจากพบว่าอัตราการป่วยและตายด้วยโรคที่มีสาเหตุมาจากอาหารและน้ำเป็นสื่อมีจำนวนสูงมาก และยังไม่มีหน่วยงานใดให้การดูแลควบคุมเกี่ยวกับสุขลักษณะของสถานที่ผลิต ประกอบ และจำหน่ายอาหาร ต่อมาในปี พ.ศ. 2516 กระทรวงสาธารณสุขได้นำโครงการสุขาภิบาลอาหารเสนอต่อคณะรัฐมนตรีอีกครั้งหนึ่ง ซึ่งได้รับอนุมัติให้เป็น "โครงการสุขาภิบาลอาหาร” และได้อนุมัติให้มีการแต่งตั้งคณะกรรมการขึ้นทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาคเพื่อการดำเนินโครงการดังกล่าวโดย

          ได้แต่งตั้งคณะกรรมการสุขาภิบาลอาหารระดับจังหวัดและอำเภอการดำเนินงานโครงการสุขาภิบาลอาหาร ได้มีการเปลี่ยนแปลงตามระยะเวลาจนถึงปัจจุบัน ดังนี้ คือ ปี พ.ศ. 2517 สภาพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ได้พิจารณาโครงการสุขาภิบาลอาหารอีกครั้งหนึ่ง และได้มีมติให้บรรจุในแผนพัฒนาสาธารณสุข ระยะที่ 4 (2520 – 2524) ภายใต้แผนงานควบคุมอาหารและยา ซึ่งเป็นแผนงานร่วมระหว่างหน่วยงาน 3 กรม คือ

1. กองวิเคราะห์อาหาร กรมวิทยาศาสตร์การแพทย์

2. กองควบคุมอาหาร สำนักงานคณะกรรมการอาหารและยา

3. กองสุขาภิบาล กรมอนามัย

          ปีงบประมาณ 2522 สำนักงานคณะกรรมการข้าราชการพลเรือน ได้อนุมัติให้มีอัตรากำลังเจ้าหน้าที่เฉพาะขึ้น เพื่อรับผิดชอบดำเนินการตามโครงการสุขาภิบาลอาหารและสำนักงบประมาณได้อนุมัติเงินงบประมาณดำเนินงานแยกจากโครงการสุขาภิบาลสิ่งแวดล้อมของกองสุขาภิบาลด้วย เพื่อใช้ดำเนินงานสุขาภิบาลอาหารโดยเฉพาะ โดยมีนายทรวง เหลี่ยมรังสี เป็นผู้อำนวยการโครงการฯ

          ปีงบประมาณ 2525 โครงการสุขาภิบาลอาหารได้รับการบรรจุอยู่ในแผนงานอนามัยสิ่งแวดล้อมของแผนพัฒนาการสาธารณสุข ฉบับที่ 5 (2525 – 2529) ร่วมกับ 4 โครงการย่อยอื่นๆ ของกรมอนามัย คือ โครงการจัดหาน้ำสะอาดในชนบท โครงการสุขาภิบาลสิ่งแวดล้อม โครงการกำจัดของเสียในชุมชนและในโรงพยาบาล และโครงการควบคุมมลภาวะสิ่งแวดล้อม

          ต่อมาในต้นปีงบประมาณ 2526 ฯพณฯรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงสาธารณสุข ได้เล็งเห็นความสำคัญของงานสุขาภิบาลอาหาร ที่จะพิทักษ์ผลประโยชน์และคุ้มครองให้ประชาชนผู้บริโภคได้รับประทานอาหารที่สะอาด ปลอดภัยมากขึ้น จึงได้สั่งการให้กรมอนามัยดำเนินการเพื่อให้การบริหารโครงการสุขาภิบาลอาหารเกิดความคล่องตัว และมีประสิทธิภาพมากขึ้น กรมอนามัยจึงมีคำสั่งที่ 1369 / 2525 ลงวันที่ 1 ตุลาคม 2525 ให้ตั้ง "สำนักงานโครงการสุขาภิบาลอาหาร” ขึ้นตรงต่อกรมอนามัย และให้มี "ศูนย์สุขาภิบาลอาหารเขต 9 เขต” ดำเนินการสนับสนุนจังหวัดและเทศบาลในส่วนภูมิภาคด้วย

          ปีงบประมาณ 2529 กรมอนามัยได้พิจารณาเห็นว่า โครงการสุขาภิบาลอาหาร มีลักษณะเป็นงานประจำที่จำเป็นต้องดำเนินการอย่างต่อเนื่องและตลอดไป มิใช่โครงการที่ต้องมีระยะสิ้นสุด จึงได้กำหนดเป็นงานสุขาภิบาลอาหารของกรมอนามัย และยกเลิกคณะกรรมการบริหารโครงการสุขาภิบาลอาหารด้วย

          ระยะต่อมา กรมอนามัย ได้จัดทำกรอบกำลัง 3 ปี (2530 – 2532) ก็ได้พิจารณายกฐานะงานสุขาภิบาลอาหารในฝ่ายสุขาภิบาล 2 กองสุขาภิบาล เป็นกลุ่มงานสุขาภิบาลอาหาร แต่ในเรื่องการบริหารงานก็ยังคงเหมือนเดิม คือ สำนักงานโครงการสุขาภิบาลอาหาร ขึ้นตรงต่อกรมอนามัย โดยตรงตามคำสั่งที่ 1792 / 530 ลงวันที่ 13 พฤศจิกายน 2530 จนกระทั่งเมื่อวันที่ 17 กุมภาพันธ์ 2533 สำนักงานโครงการสุขาภิบาลอาหารก็ได้ยกฐานะเป็น กองสุขาภิบาลอาหาร และได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างใหม่เป็น "กองสุขาภิบาลอาหารและน้ำ” เมื่อปี พ.ศ. 2545